Di Indonesia, yayasan dan badan hukum nirlaba memainkan peran krusial dalam pembangunan sosial, pendidikan, dan keagamaan. Mengingat fungsinya yang tidak berorientasi pada pencarian laba (non-profit), pemerintah memberikan perlakuan khusus terkait perpajakan. Pemahaman mengenai fasilitas ini sangat penting agar organisasi dapat mengelola kewajiban pajaknya dengan patuh sekaligus mengoptimalkan sumber daya untuk kegiatan sosialnya.
Dalam aturan perpajakan, sebuah entitas dapat dikategorikan sebagai badan nirlaba jika kegiatannya difokuskan pada bidang pendidikan, penelitian dan pengembangan, atau kegiatan sosial lainnya. Kunci utama dari entitas nirlaba adalah tidak adanya pembagian sisa hasil usaha kepada pendiri atau pengurus, serta adanya kewajiban untuk menanamkan kembali seluruh sisa lebih (surplus) ke dalam sarana dan prasarana kegiatan nirlaba tersebut.
Berdasarkan aturan perpajakan yang berlaku, sisa lebih yang diterima oleh badan atau lembaga nirlaba di bidang pendidikan dan/atau penelitian dan pengembangan dikecualikan dari objek Pajak Penghasilan (PPh), dengan syarat:
Pengecualian ini memungkinkan yayasan untuk memperluas cakupan layanannya tanpa tergerus oleh beban pajak atas dana yang memang akan digunakan kembali untuk operasional organisasi.
Yayasan wajib melaporkan sisa lebih yang diterima dalam Surat Pemberitahuan (SPT) Tahunan PPh Badan. Apabila dalam jangka waktu 4 tahun sisa lebih tersebut tidak digunakan untuk investasi sarana dan prasarana sebagaimana dimaksud, maka sisa lebih tersebut akan dianggap sebagai penghasilan kena pajak dan akan dikenai PPh sesuai dengan ketentuan umum yang berlaku.
Meskipun mendapatkan fasilitas pengecualian untuk sisa lebih, yayasan atau badan nirlaba tetap memiliki kewajiban perpajakan lainnya sebagai pemotong atau pemungut pajak, yaitu:
Untuk menikmati fasilitas perpajakan, yayasan harus memiliki Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP) yang valid dan tertib dalam administrasi pembukuan. Bukti pendukung mengenai penggunaan sisa lebih harus terdokumentasi dengan baik, seperti catatan perolehan aset tetap, bukti pembangunan gedung, atau pembelian alat-alat penunjang kegiatan sosial/pendidikan. Ketidaktertiban administrasi dapat menyebabkan fasilitas pengecualian pajak dibatalkan oleh otoritas pajak.
Fasilitas perpajakan bagi yayasan dan badan hukum nirlaba merupakan bentuk dukungan negara terhadap kegiatan sosial masyarakat. Dengan memahami regulasi dan mematuhi kewajiban administratif, yayasan dapat memastikan keberlanjutan program-programnya. Organisasi diharapkan selalu memantau pembaruan regulasi pajak agar tetap sejalan dengan aturan terbaru yang ditetapkan oleh Direktorat Jenderal Pajak.
